В рамках программы осуществляются исследования истории и современного положения ислама и мусульманских обществ в России и странах, входивших в прошлом в состав Российской империи.
Вместе с тем предполагается изучение мусульманского самосознания и форм функционирования ислама в различных аспектах – идеологическом, социальном, культурном, политическом - в тех регионах России и СНГ, где ислам традиционно является преобладающей религией: Поволжье, Дагестане, Чечне, Ингушетии, а также Средней Азии и Азербайджане.
Конфессиональная и этническая идентичность определяет здесь характер политического волеизъявления и ведет к осознанной социокультурной, политической и духовной трансформации регионов.
Особое место в рамках программы отводится работе по изучению и публикации исторических источников и архивных документов по истории ислама в Российской империи.
Результаты работ по программе публикуются ИД «Марджани» в серии «Ислам в России и Евразии»